La peste
Dans son histoire, le Haut-Doubs fut marquée par deux épidémies de peste : arrivée à Marseille en novembre 1347, la peste noire gagna la Franche-Comté en 1348. Elle enleva les deux tiers des habitants du Val de Morteau en 1349. Pendant 5 ans, on estime que la peste priva la France de 35 % de sa population. Elle tua 30 à 50 % des européens soit 25 millions de morts.
Au milieu du XVIIème siècle, la peste accompagna la Guerre de Dix ans (1636 – 1644) et contribua avec la famine à la ruine de la Franche-Comté. Le Haut-Doubs, et notamment le Val de Morteau et Le Russey furent touchés . Si la population de la Franche-Comté fut estimée entre 405’000 et 410’000 personnes au recensement de 1614, elle n’était plus que de 160’000 au recensement de 1657, soit une baisse de plus de 60%. Pour La Chenalotte, en 1593, 29 feux et 164 habitants étaient recensés. En 1614, le nombre de feux était stable mais en 1657 il diminua et passa à 27 et 122 habitants. La peste disparût brusquement en 1640.
Le choléra
Au XIXème siècle, la France fut touchée par deux épidémies de choléra : la première, en 1832 – 1833 entraina la mort de 160’000 personnes, la deuxième, celle de 1854, de 143’000 personnes. Si, en Franche-Comté, la Haute-Saône fut particulièrement touchée (dans ce département en 1854, le nombre de décès tripla), le Doubs fut relativement épargné. En tout cas, La Chenalotte ne dénombra qu’un seul décès en 1854, celui d’Elie Augustin Jacquin âgé de 17 mois le 07 février.
Cette année-là, en conformité à la circulaire du préfet du Doubs du 02 août 1854, le maire de La Chenalotte, Pierre-Alexandre Jacquin constitua un comité « pour porter des secours aux malades et surtout de veiller à ce qu’aucune indisposition précurseur de l’épidémie qui règnent sur plusieurs points dans le département du Doubs ne soit pas négligée » et nomma le curé de la paroisse, M. Parent, son adjoint Joseph Alexis Guillemin, l’un de ses conseillers Ferjeux Deleule et sa soeur célibataire, Mlle Marie-Françoise Jacquin. Fort heureusement pour la commune, ce comité n’eut pas beaucoup de travail… Robert Koch découvra le bacille responsable du choléra en 1883 et contribua à son déclin irrémédiable.
Si dans son histoire contemporaine La Chenalotte fut épargnée par les épidémies, ce ne fut pas le cas des épizooties…Entre 1899 et 1940, 5 épidémies de fièvre aphteuse touchèrent les élevages du village.